Con este simple programa llamado WinPatrol Plus se pueden especificar que aplicaciones desean que se inicien en Windows, el orden en que se inician. Según el desarrollador, debería funcionar en todas las versiones de Windows, incluyendo Windows Server.

WinPatrol te permite controlar con mayor detalle las actividades de los programas instalados en tu PC, monitorizando las áreas más susceptibles de ser atacadas por códigos y programas maliciosos.

El programa ofrece una interfaz dividida en varias pestañas, cada una de las cuales se centra en una zona determinada de tu sistema: registro, programas que se ejecutan al inicio de Windows, servicios o servicios activos, cookies, tipos de archivo etc. 

Como se ve en la captura, controlar el orden de inicio de los programas en Windows nunca fue tan fácil, solo basta seleccionar el programa, clic derecho, y seleccionar "Move to Delayed Star Program List", luego de ello se podrá configurar el tiempo en que deseas que se inicien los programas. Es muy sencillo, como lo verán en la siguiente captura:

Se puede hacer lo mismo usando un Batch Script, de la siguiente forma:

01. Ir a Inicio / Todos los Programas / clic derecho en la carpeta Inicio o Startup y Abrir
02. En cualquier parte en blanco clic derecho y crear nuevo archivo de texto con el nombre StartupOrder.bat
03. Editar el archivo en bloc de notas con el siguiente parámetro:

@ECHO OFF

TIMEOUT /T 10
REM Total Delay = 10 seconds
START “” “C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\Office14\OUTLOOK.EXE”

TIMEOUT /T 20
REM Total Delay = 30 seconds
START “” “C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\Office14\WINWORD.EXE”
START “” “C:\Program Files (x86)\Citrix\GoToMeeting\457\g2mstart.exe”

TIMEOUT /T 20
REM Total Delay = 50 seconds
START “” “C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\Office14\EXCEL.EXE”

Donde:

A. "TIMEOUT /T" son los segundos a esperar.
B. "START" es el programa que deseas que se arranque al inicio.

04. Guardar los cambios y reiniciar.

Fuente: Sysadmingeek